기업은행은 네트워크를 통해 전송되는 거래 데이터에 대한 보호를 위해 인터넷 뱅킹에서와 동일한 암호화 체계를 적용함으로써 거래의 안정성을 높였다. 또한 단일 로그온 시스템을 구현, 보안성을 높이면서도 한번의 로그온으로 여러 업무를 볼 수 있도록 사용자 편리성을 향상시켰다.
아울러 온라인 뱅킹의 보안을 보다 강화하기 위해 침입탐지 및 통합보안관제시스템 등을 구축하여 보안관리 수준을 제고시킬 수 있게 됐다. 기업은행의 보안관리 강화는 차세대 시스템 구축을 계기로 이루어진 것으로, 차세대 시스템을 고려한 보안 아키텍처를 설계하고 개발 단계에 맞춰 최적의 보안 솔루션을 구현했다는 평가를 받고 있다.